Ondanks de vele sterke punten van de RFWR® Mini Vortex Mixer Touch zijn er ook enkele beperkingen die aandacht verdienen. Het apparaat is bijvoorbeeld vrij klein van omvang, wat betekent dat het niet geschikt is voor het mengen van grotere volumes vloeistof. De maximale containerinhoud van circa 50 ml kan voor sommige gebruikers als beperkend worden ervaren, zeker wanneer grotere monsters of hoeveelheden gemengd moeten worden.
Daarnaast is het mengsysteem specifiek ontworpen voor standaard reageerbuisjes of kleine containers. Hierdoor is er beperkte flexibiliteit voor het gebruik met ongewone of grotere formaten containers. Wie veel met verschillende soorten buizen werkt, kan hierdoor mogelijk extra adapters nodig hebben of zelfs andere mixers moeten overwegen.
Hoewel de borstelloze motor stil en duurzaam is, ontbreekt het apparaat aan instelbare snelheidsopties. De vaste snelheid van 3000 tpm is juist snel en krachtig, maar in situaties waarbij een lagere mengsnelheid wenselijk is, bijvoorbeeld bij delicate monsters, biedt dit geen ruimte voor aanpassing. Dit beperkt de veelzijdigheid voor sommige specialistische toepassingen.
Tot slot, het touch-systeem is zeer gevoelig, maar de mixer vereist wel nauwkeurig positioneren van het buisje om correct te functioneren. Op een onregelmatige of minder stabiele ondergrond kan dit effect afnemen, waardoor het apparaat soms minder soepel reageert dan gewenst.